Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

В результате действий своего противника Гориллы Гродда, использовавшего машину времени, Брюс Уэйн оказывается перемещён в феодальную Японию. Он попадает в эпоху, где правят самурайские кланы и действует организованная преступность. В этом историческом периоде современные технологии, составлявшие основу его методов борьбы с преступностью в Готэме, становятся недоступными или бесполезными.

Лишённый привычного арсенала высокотехнологичных устройств и средств передвижения, Бэтмен вынужден адаптироваться к новым условиям. Для выживания и достижения своих целей он начинает полагаться на базовые навыки рукопашного боя, стратегическое мышление и изучение местных методов ведения войны. Ему приходится осваивать принципы обращения с традиционным оружием того времени и понимать социальную структуру самурайского общества.

Ситуацию осложняет присутствие в том же временном периоде Джокера, который также был перемещён машиной времени. Вместо продолжения вражды, Джокер и его группа решают перейти на сторону Бэтмена, став его вассалами. Это вынужденное сотрудничество между давними противниками добавляет новый элемент в стратегию Брюса Уэйна по поиску способа вернуться в своё время и противостоянию местным угрозам.