Альтомар представляет собой столичный город, расположенный в водном пространстве. Согласно сюжету, этот населённый пункт известен не только своим внешним видом, но и местной легендой о двух уникальных покемонах. Главный герой, Эш Кетчум, вместе со своим покемоном Пикачу прибывает в Альтомар. В ходе своего пребывания они встречают двух загадочных покемонов — Ратиасу и Ратиосу, которые являются братом и сестрой. Эти покемоны демонстрируют сильную взаимную связь, способную передавать эмоции без слов.
На Ратиасу и Ратиосу обращают внимание сёстры Занна и Рион, известные как охотники за покемонами. Они предпринимают попытку поймать этих покемонов, что вовлекает в конфликт Эша и его спутников. Ситуация осложняется тем, что Ратиасу и Ратиосу обладают способностью, известной как «Капля души». Эта способность, согласно легенде, может привести к затоплению города Альтомара.
В развитии сюжета появляется дополнительная угроза в лице покемона Деоксиса, который совершает нападение на город. Действия персонажей сосредоточены на защите Ратиасу и Ратиосу от охотников, а также на предотвращении потенциального разрушения Альтомара. Исход событий зависит от решений и действий Эша, его друзей и вовлечённых покемонов.